「よもぎ」という名の語源は、諸説あるものの明らか。しかし少なくとも『萬葉集』に所収される大友家持の長歌にヨモギの名は見られる(文字は『余母疑』)ことから、奈良時代にはヨモギが「よもぎ」という和名を持っていたことははっきりしています。
中国ではヨモギとは「艾草」(艾は『ガイ』と音読みされ、よもぎとはまったく音が重なりません)と表記し、重要な漢方薬になっていますが、『和名類聚抄』(源順　10世紀前半ごろ)ではヨモギに「蓬」の文字をあて、

本草云艾一名

と、艾草のことを一名では「蓬」ともいうとし、和名では「與毛木」である、としました。以降日本ではお灸の艾(もぐさ)を指すとき以外はヨモギを「蓬」と表記するのが一般的になりました。おそらく源順は、不老不死の神仙の世界である「蓬莱山」の「蓬」をあえてあて、その薬効を強調したかったのだと思われます。

ヨーロッパでもヨモギ属は古代から薬草として重宝されており、オウシュウヨモギ(Artemisia vulgaris)は、防虫、魔除けの魔法の草として儀式・儀礼にも使われていました。ヨモギ属の学名Artemisiaは、ギリシャ十二神の一柱で、月と狩猟の女神アルテミスに由来します。アルテミスはオリンポスの神々と血縁づけられる中で「月の女神」になっていくのですが、もともとはトルコ地方の地母神であり、人に豊穣と安産を約束する神であるとともに疫病と死をもたらす恐ろしい神の一面を持っていました。一説では冥府の女神・ペルセポネーの娘であるともされ、獲物を射殺し冥府に引きずり込む弓矢を携えた神像は、この神の本来の性質の名残なのです。
晩冬ごろから、凍てつく土の表面に、銀白色の綿毛に包まれて萌え出てくるヨモギは、地下の冥府から届けられる生命の季節の到来を告げるサインでした。ヨモギがアルテミスの名をいただくのは、それゆえだったのではないでしょうか。

早春に芽を出して地表を覆うカキドオシやキランソウには「地獄の窯の蓋」という別名があります。死の季節である冬と、生の季節である春の境の時期に出てくる地に張り付くような姿の草を、古代人は地面の下の死の世界、冥府と関係づけてイメージしてきたのです。
沖縄県では、ヨモギ(西南日本に多く分布するニシヨモギ)を「フーチバー」と言います。バーは葉で、つまりフーチの葉、という意味です。また福岡から鹿児島にかけての九州全土では、やはりヨモギのことを「フチ」と言います。「フチ」「フツ」は琉球地方では「星」を意味します。この言葉は現在の日本語の「ほし」の語源です(日本神話の武神フツヌシの名の本当の意味は『星の王』という意味です)。闇空にふつふつと湧いて出てくる星々を、「フチ/フツ」と呼んだのでしょう。星の世界もまた、地下と同様死者の国、あの世と重ねられます。
とすると、「よもぎ」という名は「よもの木」つまり「黄泉の木」が語源である、と考えることもできるかもしれません。