宇宙を調和がとれたシステムとしてとらえる宇宙観を、ピタゴラスはコスモスとよびました。このコスモスという概念は少し難解かもしれませんが、その反対語がカオス、つまり混沌であるというと、わかりやすいかもしれません。
ギリシャ神話では、はじめに混沌の神であるカオスがいて、そこから神々が生まれ、秩序が整えられていき、コスモスが生成されたとされています。
広大な土地にコスモスが一斉に咲いている風景をながめたとき、スペインに持ち帰った当時の人々には、それがまるで系統だった宇宙のように見えたのかもしれません。広いコスモスの花畑を思い浮かべると、その花がコスモスと名づけられたことにも頷けるのではないでしょうか。
参考
国立環境研究所：侵入生物データベース「
コスモス」
滋賀県立近代美術館：
カオス（渾沌）とコスモス（秩序）ニッポン放送 NEWS ONLINE：
花も宇宙も…コスモスと呼ばれるヒミツ中京大学図書館 Culib News：
秋の花コスモスをめぐって北海道建設部まちづくり局都市環境課：
コスモス（秋桜：あきざくら）知識の宝庫! 目がテン! ライブラリー：
世界最大のコスモス!