熊本県熊本地方を震源とする最大震度7の地震が4月14日21時26分と16日1時25分に2度発生しました。最大震度7を記録した地震は、2011年3月11日の東日本大震災以来でした。また、最大震度7を28時間以内に2回観測したのは、1923年の観測開始以来はじめてのことです。この地震で、熊本県・大分県を中心に家屋倒壊や土砂災害が相次ぎ、多くの人的・住家・ライフライン被害が生じました。
さらに、6月19日から25日にかけて本州付近に梅雨前線が停滞し、その前線上を次々と低気圧が通過したため、西日本を中心に大雨となりました。この大雨の影響で土砂災害、浸水害などが発生し、甚大な被害をもたらしました。
その後、10月8日1時46分には、阿蘇山の中岳第一火口で1980年以来となる爆発的噴火が発生しました。噴煙は上空1万メートルを超え、噴石や火山灰による影響が広範囲に及びました。