ひと昔前までは、礼文島のあちこちで咲き乱れていたレブンアツモリソウですが、80年代になると多くの盗掘にあい、また、生育環境の悪化により、その数が激減してしまいました。
平成6年（1994年）に、絶滅の恐れがある“国内希少野生動植物種”に指定され、平成8年（1996年）には農林水産省と環境省が保護増殖事業計画を共同策定しました。これにより、柵を設け巡視を行って保護・管理が強化されることになり、盗掘は激減しました。
2000年には開花個体数が250未満にまで落ち込み、今では、北鉄府地区の保護林「レブンアツモリソウ群生地」以外ではほとんど見られなくなってしまいましたが、平成28年（2016年）には、北海道地方環境事務所、北海道森林管理局、礼文町の三者が協力し、レブンアツモリソウが自然の状態で安定して生育できるような環境を整え、個体数の減少を食い止めようと尽力しています。