淡水域のシジミも環境変化の影響を受けて減少しています。セタシジミの漁獲量は、かつては琵琶湖漁業全体の漁獲量の大半を占めるほどで、昭和30（1955）年ごろには6,000トンもの漁獲量がありましたが、現在では稚貝の放流を行ってなお、50トン程度しか獲れなくなっています。
かつては小さな河川でもまんべんなく獲れたマシジミも、農村・里山の減少、農薬や排水の流入による環境汚染、河川の暗渠化やコンクリート化などで、戦後から高度成長期ごろ、各地で数を減らしました。そのマシジミ、逆に近年各地で再び見られるようになってきています。ところがこの「復活」したマシジミについて、実はその正体は淡水性のシジミで外来種であるタイワンシジミ（台湾蜆　Corbicula fluminea）だ！という言説が多く見られます。
中国から1980年代半ばごろに輸入されたタイワンシジミが日本各地で大繁殖し、在来のマシジミはタイワンシジミのせいで絶滅しつつある、駆除しなければ！というのです。でも本当にそうでしょうか。
マシジミと同様タイワンシジミも単為雄性生殖。このため、タイワンシジミの放出する精子を受精したマシジミは、いずれ数世代でほとんどタイワンシジミに変化してしまう、というのですが、マシジミの精子を受け取るタイワンシジミもいるはずですし、またクローン生殖もしますから、一方的にマシジミが淘汰されてしまうでしょうか。また、卵細胞の核が排除されるとはいえ、卵細胞のミトコンドリアは継承されるのですから、マシジミは本当の意味ではタイワンシジミによっては絶滅しないのです。また、タイワンシジミとマシジミは貝殻の色などで見分けられる、といいますが、それも個体差がありはっきりせず、外観的に両種を区別するのは不可能。前述した通りシジミにはそもそも多様な色彩変異があるのです。

『日本産蜆の新研究』（矢倉和三郎 　1922年）では、セタシジミと区分されたマシジミにはさらに二種類のタイプがあり、また別に亜種オグラシジミ（小倉蜆　または業平蜆）があるとしていて、マシジミには外見上いくつかの種類があり、一般的なものと違う種類は泉や池に産するとしています。またその特徴は、現在「タイワンシジミ」とされるものの特徴と似ているのです。
マシジミには、里山の河川で人々の目に付いていた従来のタイプと、山間や湧水池などで生息していたタイプがもともと在来種として存在し、国内河川の汚濁・水質悪化で里山のマシジミが地域絶滅した後、農薬の使用や工業・生活用水の垂れ流しが減って水質が改善されたことで、山間部などで生き残っていた見慣れない在来種が各地で多く見られるようになり、これをタイワンシジミだ！と勘違いしている可能性は充分考えられます。
タイワンシジミは中国人移民によって1920年代にはアメリカに持ち込まれて繁殖しているようですが、それならば近隣国の日本ではもっと早くに移入されているはずですし、仮に1980年代に輸入されたものが自然繁殖するようになり、それが現在各地で繁殖しているという説が正しいとしても、マシジミが日本の各地で激減し始めたのは1980年代よりももっと前の高度成長期からなのですから、タイワンシジミがマシジミを駆逐した、というのはそもそも事実誤認です。一時期マシジミを駆逐したのは、タイワンシジミではなく私たち人間なのです。
タイワンシジミを「にっくき外来種」として、大規模駆除が行われるケースもあるようですが、タイワンシジミとマシジミが別種であるという結論すら出ていません。「駆除」しているのは、本当は在来のマシジミの一種かもしれず、この件は未だ議論されていて、早計な駆除は控えるべきかもしれません。