日本の美しい特産自生ユリの中で、もっとも大きく、代表選手と言ってもいいのがヤマユリ（山百合 Lilium auratum）。花径は20cm近く、時に25cmほどにもなり、1～1.5mほどの茎の上部一帯から、数個から20個以上の花をつけます。六枚の花弁は外側にカーブしながら反り返り、真っ白に真っ赤な斑が入り、中央部分には鮮やかな黄色の筋が入るために英語圏ではgolden lilyと呼ばれます。六本の雄しべの朱色の葯と、上向きに反り返る雌しべが、ヤマユリの豪華さを引き立てます。また、野山では花を見つける前に漂う香りに気づくほど、その甘い芳香は強烈。伊豆諸島には、ヤマユリの亜種のサクユリ（作百合 Lilium auratum var. platyphyllum）が分布しますが、花径30cm以上と世界最大のユリで、2m近くなる草丈も雄大そのものです。

ササユリ（笹百合 Lilium japonicum）も、学名に日本と付くことからも、日本特産ユリの代表です。東日本に多いヤマユリに対応するように、本州中部以西に集中的に分布し、多くの地方亜種があります。ユリの仲間では比較的早く、6月初旬ごろから咲き始め、梅雨の季節を濡れそぼりながら咲きつぎます。花は薄桃色にほのかな斑が入り、雄しべの葯の朱色との対比が愛らしく、可憐さが際立ちます。葉は互生して細長く、ササの葉に似るために「笹百合」と呼ばれます。日本には西洋のような百合信仰や偏愛はほとんど見られませんが、奈良市の率川（いさがわ）神社に伝わる6月半ばに行われる三枝祭（さいくさのまつり）では、祭神の姫蹈鞴五十鈴姫命（ひめたたらいすずひめのみこと）に捧げる酒罇（しゅそん）にそえる神饌に狭韋（さゐ）、つまり笹百合の花を飾り、巫女がササユリを手に持ち舞いを奉納する、特異なササユリ信仰が見られます。
このササユリとよく似て、東北地方の山岳地帯特定で分布するのがオトメユリ（乙女百合 Lilium rubellum）、別名姫小百合です。その名にたがわぬ愛らしいユリです。葯がヤマブキ色で、朱色のササユリと区別できます。花期は6月から8月ごろ。

スカシユリ（透百合 Lilium maculatum Thunb.）は、磯の崖地や砂浜などの海浜地帯に分布し、ユリの中では唯一、近代以前から栽培品種としても育成されてきました。このため自生種をイワトユリ、栽培種をスカシユリ、と区別する場合があります。ヨーロッパに渡ってもスカシユリはさまざまな交配の母種として珍重されてきました。燃えるような濃いオレンジの花を、真夏の太陽をものともせず上向きに咲かせます。「透かし」という名前は、花弁の基部付近の幅が細くなり、花弁と花弁の間にすき間ができる形状に由来します。葉は互生でびっしりと密に付き、直立します。男性的な力強さを感じさせるユリです。

カノコユリ（鹿の子百合 Lilium speciosum）は、西南日本、とりわけ九州に多く自生する日本特産種で、花弁の縁が白く、中央は鮮やかなピンク、そして濃い赤の斑が入ります。この斑を小鹿に見立てて「鹿の子」とつけられました。ヨーロッパの園芸品種作出のためにも盛んに使われました。ヒメユリ（姫百合 Lilium concolor var. partheneion）とともに、日本産ユリの中でも一、二を争う美女中の美女と言えるかもしれませんが、今や自生の個体は滅多に見られなくなりつつあります。