雲による乱気流は、上昇気流や下降気流により起こる乱気流を指します。夏場によく見られる積乱雲などの積雲系の雲や、中層雲底乱気流、巻雲などの高層雲付近での乱気流などがあります。

発達中の対流系の雲の中では上昇気流が発生しています。この上昇気流に飛行機が遭遇すると揺れることがあります。積乱雲の発達最盛期では、上昇気流が強いため成層圏の上にまで雲が達する場合もあり、雲頂付近でも揺れる可能性があります。また雨が降り始めると、蒸発により下降気流が強まるため雲底でも揺れる可能性があります。この下降気流は、地上付近ではダウンバーストと呼ばれ、飛行機の運航においてとても危険な現象になります。

また、中層雲の雲底においても大きく揺れる場合があります。雲底の下の空気が乾燥している場合、先ほどの積乱雲の場合と同様、雨粒の蒸発により周囲の空気が冷やされ重くなるため、下降流が強まります。この強まった下降流による揺れを中層雲底乱気流といいます。

高層でも巻雲がはけのようになびいている場合、大きく揺れる可能性があります。先ほどと同様で、氷晶が昇華して霧散していく際に下降流が強まるからです。
雲に伴う乱気流は、雲の付近で揺れるため視覚的に予想をしやすいです。前線や低気圧接近時など、悪天候時に雲の付近を通過する場合は揺れに注意が必要です。