摩周湖は1931年に透明度41.6mを記録し、これは今までに破られたことのない世界記録です。しかしその後、透明度はどんどん低下し、1980年代前半には20m台後半、それ以降は20m台前半となってしまいました。
国立環境研究所の調査によると、摩周湖の透明度は、夏に低下し、冬に上昇することがわかりました（摩周湖の調査はまさに命がけで、夏でも冬でも、道なき道を行き、急な崖を降りて水にもぐって調査するというものです。下記リンク先参照）。
川が流れ込まない摩周湖は、1年を通して植物プランクトンが少ないので光合成が少なく、ゆえに、あの独特なブルーを誇っています。ところが、夏にはやはりプランクトンの量が増えるので光合成が活発になり、青い色がやや緑色がかってしまい、透明度が低下してしまうのです。とはいえ、環境研の調査で、2009年の5月には、32.5mという透明度を観測しました。この値は、過去25年間で最大の数値です。
摩周湖は1994年、国際機関の環境モニタリングステーションとして登録され、環境研では長期にわたり摩周湖を調査しています。そのデータは、地球単位での大気汚染などを調査するために利用されています。さらに、摩周湖の貴重な自然環境を維持するために、国土交通省などでは、展望台への車の乗り入れの規制ついても検討しています。

観光シーズンの半分くらいが霧に覆われている摩周湖。訪れたときに晴れているか霧で覆われているか、一喜一憂することもまた観光の楽しみです。夏は霧が多く、冬は摩周ブルーが美しい。自然遺産としても世界的に貴重な摩周湖、梅雨のない北海道は、これからが観光シーズン本番です。

〈参考：国土交通省北海道運輸局「北海道遺産・摩周湖におけるエコ交通整備検討に関する調査」報告書概要版、平成19年3月〉