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ベヨネース列岩は、3個の烏帽子形の岩礁と数個の小岩礁からなり、海面下約1500mに基底をもつ海底火山の外輪山(カルデラ直径10km)の西縁で、玄武岩(SiO2 47～52％)からなる。1952～1953年に活動した明神礁(主にデイサイトSiO2 63～69％)はベヨネース列岩の東約10kmにあり、比高約300mの円錐状をなし、山頂に直径約600mの火口をもつ後カルデラ火口丘。明神礁とベヨネース列岩の間に直径約8kmのカルデラが存在し、その中央に最浅水深372mの中央火口丘がある。カルデラ底は環状に分布し、水深は1000mを越える。