長い間、謎とされてきたウナギの一生は、ここ10年ほどの間に様々な新発見が相次ぎ、かなり生態についても解明が進んできました。
ウナギは、深海で生まれた後に徐々に成長しながら回遊し、幼生期から成魚の前段階であるシラスウナギにまで成長すると陸地の河口域へとたどりつき、河川・湖沼・汽水域などに定着して成魚となり、成熟すると海へ出てはるかな深海で産卵する降河回遊魚です。

ニホンウナギの産卵場所は日本からはるか2,500km離れた太平洋の熱帯海域のマリアナ海溝。かつては海深数千メートルの大深海で産卵すると考えられていましたが、実際は数百メートルほどの中層深海域で産卵することが判明しました。孵化したてのウナギはプレレプトセファレスと呼ばれるおたまじゃくし型の幼生で卵黄を抱えています。ここから柳葉形のひらひらとした葉形幼生「レプトセファルス」に変態すると、降下有機物(マリンスノー)を食べながら成長し、深海からフィリピン～台湾の沖合付近に移動します。そして半年から一年半ほどもかけて、稚魚であるシラスウナギへと変態を遂げます。シラスウナギの形態は細長く円筒型の成魚の形態になっているものの長さは5cmほどで小さなもの。西太平洋を北上する黒潮に乗って、フィリピン沖から日本列島の鹿児島県～千葉県沖へとたどりつき、川のにおいをたどって河口から遡上して、淡水環境に定着。5～10年ほどかけて成長し、体長1メートルほどの成魚になります。成魚となったウナギは食性は肉食で、夜間魚類から水生昆虫、ミミズや甲殻類、カエルなどの小動物をどん欲に食べる水域の生態系の頂点=アンブレラ種の地位に君臨することとなります。そして性成熟が完了すると、最終形態の「銀ウナギ」となって、ふたたび産卵のために深海へと旅立つのです。

なぜウナギはこのような壮大な回遊をするのでしょうか。ふつうは淡水魚は淡水で一生を過ごし、回遊魚は回遊魚として(たとえば一生泳ぎ続けるクロマグロは産卵や受精すら泳いで行います)、深海魚は深海で一生を送ります。小規模の移動や隠棲など、生活域を変えることは珍しくありませんが、深海から淡水へ、これほど大規模な環境移動を行う魚類はいないでしょう。
2009年、大気東大海洋研究所の塚本・西田両教授、千葉県立中央博物館の宮研究員、ロンドン大学の井上研究員らの研究グループが、ウナギ目の魚類56種のミトコンドリアDNAの全塩基配列を解析、ウナギ目の系統樹の解明を科学的に裏付けました。この解析によって、なんとウナギ(ウナギ科)は、それまでは近縁と考えられてきたアナゴ、ハモ、ウツボなどの海洋性の似たような細長い形状をもつウナギ目の種とは系統的に縁遠く、奇怪な形状をもつことで知られるシギウナギ、フクロウナギ、フウセンウナギなどの深海性のウナギ目と同一の祖先から枝分かれしたことが判明しました。
ウナギのルーツは何と深海魚だったのです。浅海魚や淡水魚では再現できないウナギの独特のふくよかな味わいは、深海魚ならではのものだったわけです。キンメダイやキチジ(キンキ)、アンコウなどの深海性の魚介の柔らかく滋味あふれる味わいを想像すれば、ウナギの共通点も見いだせるのではないでしょうか。

餌に乏しい深海で細々と生きながらえていたウナギの祖先はあるとき、いっぱい餌のある場所へ出て行って一旗揚げるぜ！とばかりに深海から大陸の沿岸域へ、さらには海の領域すら超えて陸地の水域へと果敢に進出したのです。
ただし子供を産み育てるゆりかごだけはあの故郷の安全で静かな深い海にしよう、と決めたのかもしれません。ウナギの起源(本質的には現世種でも)が深海であることは、深海魚の飼育が極めて難しいことからも理解できます。餌ひとつをとってみても、他の養殖魚のようにはいかなかったのです。
そんなわけで、ウナギ養殖は、安定した品質のものを大量供給できる利点はありますが、むしろ天然よりも高くついてしまうのです。