親類縁者に疎まれ、京での出世にも失敗している将門にとっては、従兄弟の貞盛(清盛の祖先にあたります)は親類縁者ともむつまじく、また京でも下位士官ながら官位を得ていて、コンプレックスの対象でした。良兼との連合が敗北後、将門から逃げ回っていた貞盛が、父・国香の仇である将門訴追の官符を朝廷から取り付け、常陸に戻ってきます。
伯父・良兼はすでになく、貞盛が頼ったのは常陸介・藤原維幾(これちか)でした。維幾は高望王の娘、つまり将門の父や貞盛の父の姉妹、二人にとっての伯母(叔母)にあたる女性を娶っている親類筋。またしても将門は、親類縁者から疎外され、心ならずも戦う苦渋と対峙しなければなりませんでした。維幾の子、藤原為憲も従兄弟の将門追討の仲間に加わり、常陸国司からは貞盛・為憲の画策により再三将門に出頭命令が出されます。

そんな折、武蔵国司から追われた札付きの悪党・藤原玄明(はるあき)が将門のもとに逃げ込んできます。玄明は常陸霞ヶ浦付近に根付いた土豪で常陸掾でもあった藤原玄茂(はるもち)の眷属で、「国の乱人」「民の害毒」と表現されています。『将門記』は、玄明を将門を叛乱に唆した悪人として描いていますから、その評価は必ずしも正当とは言えないものですが、いずれにしても藤原氏の血統でありながら都での居場所がなかった玄明を、将門は受け入れました。

玄明を引き渡すよう、常陸国府から将門へ移牒(いちょう　役所の通告文書)が届いても将門は応じず、玄明をかばいました。ここには、のけ者、排除された者に対する共感と同情、そして排除した側こそが悪であるという将門の強い信念(思い込み)がうかがわれます。折しも常陸介の藤原維幾のもとには、国府の通常の備えを大きく超える3,000余の兵力が集ってきていたことも知り、将門は態度を硬化させます。そして天慶二(939)年十一月二十一日、千余の従者伴類を引き連れて、常陸国府へ進軍しました。あわせて自身の最大の後ろ盾とも恃(たの)む藤原忠平宛てに書状を送っています。

国(常陸国府の事)はかねて警固を備えて将門を相待つ。将門陳(の)べて云く、「件の玄明等を国土に住せしめて、追補すべからざるの牒を国に奉る」と。しかるに承引せずして、「合戦すべき」の由、返事を示し送る。よって彼此(常陸国府と将門)するの程に、国軍三千人、員(かず)の如く討ち取らるるなり。将門が隋兵僅か千余人

「『玄明を常陸国に安住させてやってほしい』という私の頼みも聞き入れなかったため合戦とあいなりました。国府軍は三千人、私の軍は僅か千人です。」と弁明しています。そして、自衛のためには戦わざるを得ない、としています。
将門軍はまたも無敵ぶりを発揮して三倍の敵を圧倒し、常陸国府を占領してしまいます。が、戦いで捕縛したかった二人、貞盛と為憲は落ち延びています。国府を占領するというのは県庁と県警を襲って占領するようなものですから、大ごとではあります。
将門軍は十二月十一日に下野(栃木県)国府、同十五日には上野(群馬県)国府を襲撃、国司を関東から追い出してしまいました。このとき、上野の八幡神社で一人の昌妓(かんなぎ　巫女)が神がかりとなり、「朕(ちん)が位を蔭子(いんし)平将門に授け奉る」と宣言し、八幡大菩薩すなわち応神天皇の霊魂が、帝位の血を引く将門に皇位を授けたという有名な出来事が起こります。そして下総国の亭南(柏市付近と推定)に宮殿を建て、将門を新皇として関東各地の国司に眷属を配する人事を行い喜んだ、とされますが、これらは後の「天誅」に向けての創作でしょう。いずれにしても、将門は義侠心からかばった悪党を原因に、国家への叛逆の道に踏み込んでしまったのでした。