源右衛門の挑戦から約半世紀後。安永9（1780)年）、老中田沼意次によって、印旛沼開削の大プロジェクトは六万両の資金を投じた国家の威信をかけた幕府直轄事業として開始されました。しかし、計画を練り上げたにもかかわらず、田沼の壮大な計画は頓挫してしまいます。
一つには、時を同じくして浅間山が大噴火したこと。これにより飢饉や災害対策などでの悪影響が出たばかりではなく、火山灰の降灰によって利根川の川床の上昇という事態が。さらに自然は牙を剥きます。天明6（1786)年の7月、江戸時代通じて未曾有の大雨により、利根川一帯が大洪水に。死者は数千人に及んだといわれます。この大洪水で、堤はことごとく決壊、完成しかけた利根川と印旛沼の切り離し工事地区が全壊してしまいます。それでも開削に執念をもって挑んだ田沼でしたが、後ろ盾である将軍家治が死去し、失脚したことで、ついに事業は頓挫します。

ふたたび印旛沼開削が着手されたのは、天保14(1843)年。「天保の改革」を実施した水野忠邦によってでした。
水野の事業は、田沼の事業とはさらに規模も動機も異なるものでした。この時代、異国船が頻々と日本近海に出現、モリソン号事件などのトラブルも発生するようになっていました。アヘン戦争を通じて、東アジアの盟主であった中国(その時代の清)がヨーロッパの軍事力に屈する様を見て、幕府は外国船襲来を強く懸念し、東京湾が外国船により封鎖された際に江戸を防御するための物資の輸送と抜け道の確保のために、江戸湾奥から印旛沼へとさかのぼり、利根川を経由して銚子に抜ける水路を作ろうと考えたのです。このため、大きな船が往来できる水深を確保できるよう、より深い掘削事業を計画しました。
財政難でもあった幕府はこの事業を、駿河沼津藩、山形庄内藩、鳥取藩、上総貝淵藩、福岡秋月藩に命じました。現在の八千代市大和田排水機場から千葉湾までをつなぐ花見川は、現在でも深くえぐれた谷下を川が流れる地形になっていますが、これは「ケトウ土（化灯、化泥）」と呼ばれる腐食植物の堆積地層を、死者を出しながら、延べ数百万人もの人員を動員して掘削した各藩の尽力のたまものです。
しかしこの事業も、先述した軟弱地盤による開削の困難さや、そして突然出現したと公文書に残る「印旛沼怪獣」などにより頓挫してしまいます。印旛沼怪獣は、印旛沼にいくつもあったという佐久知穴という湧水スポットから、突然雷鳴とともに出現したとされる謎のモンスター。

頭ヨリ足迄長サ一丈六尺(約5m)程　頭大サ周り一丈(3m)程　手ノ長サ六尺　爪ノ長サ一尺　目ノ丸サ四斗樽(シトダル/お祝いの席で鏡開きなどをする際の酒樽の大きなもの)、口ノ大サ五尺程　鼻至テヒクシ　面躰猿ノ如シ色黒シ

と報告された一本足の怪物で、佐久知穴近くの岩にしばらく腰をかけていたが、落雷のような大音声を発すると、周囲にいた役人等13名が即死してしまった、といわれます。一説では、印旛沼には一本足の河童の主が棲むともいわれていて、目撃談もあることから、まさにその河童の主が現れたのかもしれません。
江戸期を通じて暴れ竜・印旛沼はあらゆる人智を尽くした調伏を、跳ね返し続けたのです。