しかし、それも時代が下り、江戸後期ともなると知識人の認識も変化していきます。「七十二候鳥獣虫魚草木略解」(1821年/文政四年)の中で春木煥光は、

蛍ハ和名鈔ニホタルト云　今ハ轉誂シテホタロトス　大中小三品アリ　皆水蟲ヨリ羽化スルモノナリ　腐草ノ化スル者ナラズ　大和本草ニ陰湿ノ気アルモノハ皆夜有光　腐草モ亦夜光ト云フ

と記しています。実に多くの示唆に富み面白い箇所です。
まず、この煥光の文章は、小野蘭山の「本草綱目」の講義筆録「本草綱目啓蒙」(1803年)書中の「凡螢は夏は初油菜科を刈の候、多く出大中小の三品あり。皆水蟲より羽化して出夏後卵を生して復水蟲となる。腐草化して蛍となるに非ず。」からの転載ですが、つまり江戸時代も19世紀に入ると、次第に科学的・合理的なものの見方が普及し始め、江戸前期の頃とは変化してきていることがうかがえるのです。「七十二候鳥獣虫魚草木略解」が刊行された文政四年は、あの伊能忠敬の「大日本沿海輿地全図（だいにほんえんかいよちぜんず）」が完成・幕府に献上された年。正確な測量技術と天文の知識により、「科学」が本格的に根付いた時代であることがはっきりと見て取れます。
そしてなぜ腐った草がホタルになると考えられてきたのかについての解釈についても書かれています。「陰湿」の気は夜になると光を帯びるようになる、ゆえにホタルの光も陰湿な腐葉土の中から生じるものなのだと考えられていた、と言うことがわかります。これは歴史的に日本人が夜に光る星を陰湿で不吉なものとして忌み嫌っていた意味も理解でき、興味深いものです。
ただし、過去の迷信について間違いであると指摘していても、ではなぜホタルが光るのか、について何か新説が提示されているわけではなく、一切ふれていないこともおわかりいただけるでしょう。当時でもホタルの光る仕組みについては皆目わかっていなかったわけです。
何しろ、ホタルの光は酸素にルシフェリンと呼ばれる化学物質が反応して発光するらしい、と解明したのはつい60年ほど前のこと。しかし、それも普通に酸素とルシフェリンを化合させても光は生じないためはっきりしたメカニズムは不明でした。2015年になりようやく、化合する酸素はスーパーオキシドアニオン(superoxide anion　O2−)という特殊な活性酸素の形態であることがつきとめられました。活性酸素と言うと、生体の老化や損傷を引き起こすものとして有名ですが、スーパーオキシドアニオンはそうした毒性はなく、酸素が通常の酸素分子よりも余剰な電子を1つ持った状態で、電子は一対(二つ)になることで安定しますが、一つであるため(不対電子)にその電子が遊離しやすい状態になっています。酸素原子が外部から大きなエネルギー作用を受けると、原子核の周囲の電子が一瞬、励起（れいき）と呼ばれる移動現象を起こします。そして、元の軌道に戻る際に原子が受けたエネルギーが光子に変換され放出します。この現象を励発（れいはつ）と言います。ホタルはホタルルシフェラーゼと言う発光酵素とマグネシウム、そしてスーパーオキシドアニオンの作用によって、極めて効率よく光を放出するシステムを持っていることがわかったのです。